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CANOCO 5

當前版本：5.1.5 | 最新更新

Canoco是一套在生態學及幾個相關領域內使用ordination methods來進行多變量統計分析的最常用程序包。最近Canoco版本（4.0、4.5和5.0）的用戶指南在過去22年中被引用了11900多次（1999-2021，ISI知識網）。

Canoco 5是一套全新的，幾乎完全重構的Canoco軟件版本，在2012年10月發布，最新版本是5.15版。

特征綜述

	分析和繪圖功能與易于使用的電子表格數據編輯器集成在單個程序中。現在，在Canoco 5項目中收集對一組數據表進行的所有分析，共享分析和圖形設置。		Canoco為Windows 4.5提供的所有統計方法均可用，例如DCA，CA，CCA，DCCA，PCA和RDA方法-包括其部分變體，以及用于受約束排序方法的Monte Carlo置換測試，為即將到來的數據提供適當的置換設置來自非平凡的抽樣設計。
	CanoDraw 4.x提供的所有可視化工具都可用（包括loess，GLM和GAM模型，用于在排序空間中可視化數據屬性），其中許多功能得到了改進。		可以在程序本身中輸入數據，也可以從Excel（.XLS或.XLSX格式）或Canoco 4.x數據文件輕松導入數據。標簽不再需要縮短為8個字符，但是這些簡短的形式仍然可以在順序圖中顯示，甚至可以從長形式中自動生成。現在使用標準的因子編碼（分類預測變量），在內部生成虛擬（0/1）變量。編輯器允許將虛擬變量轉換為因子，如果需要，還可以進行逆向轉換。
·	現在可以輕松訪問主要坐標分析（PCoA）和基于距離的RDA（db-RDA），添加了新的距離度量（總共11種距離類型，包括Bray-Curtis，Gower距離或Jaccard系數）。同樣，還支持非度量多維縮放（nMDS）。		對于兩到三組預測變量，可以輕松進行變異分區，包括基于部分或非局部分析以及使用原始或調整后的變異估計值來計算已解釋變異的各個分數。
	變體劃分框架中提供了鄰居矩陣的主坐標（PCNM）方法。當前的實現與Legendre＆Legendre（2012）中描述的建議匹配，使用的是備用方法名稱（dbMEM）。		現在，對主響應曲線（PRC）進行計算，檢驗和繪制圖形是一項輕松的任務。
	可以使用協函分析（CoCA，對稱形式），包括對兩個比較的社區類型之間的協方差進行蒙特卡洛置換檢驗。		在視覺上逐步增強了預測變量的選擇，現在為防止I型錯誤膨脹提供了支持（使用所有預測變量進行初步測試，并通過以下三種方法之一對p值進行調整：錯誤發現率（FDR）估計，Holm校正和Bonferroni 更正。
	可以對所有受約束的軸進行直接測試，并且可以將兩個基準的結果與Procrustes分析進行比較。		您可以輕松地使用物種功能性狀或導入有關物種系統發育相關性的數據，以及計算和使用功能多樣性。
	半透明的填充色，在有序圖中顯示變量箭頭的校準軸或繪制封閉橢圓作為封閉多邊形的替代功能，增強了可視化功能。 JPEG，TIFF和PDF格式的其他導出類型已添加到現有的導出類型（PNG，BMP，EMF，Adobe Illustrator）。	·	高級用戶可以在一次分析中結合多種方法，包括廣義線性模型以使得分相關等。
	上下文相關的幫助系統和Canoco Adviser（一個專家系統，可以幫助您為研究問題選擇適當的分析方法，排序模型的正確類型（線性與單峰），數據）為您的每一步工作提供支持轉換或對結果進行適當的可視化顯示。它甚至還建議您如何借助“圖形向導”解釋您創建的排序圖。

最新版本：5.15版

Canoco 5.1實現了特征 - 環境分析和微生物群系數據分析的新方法。現有的Canoco 5客戶可以使用Canoco 5中的常規更新流程更新到Canoco 5.1。

設計用于微生物組分析的新方法是加權對數比率PCA（Greenacre和Lewi，2009），并且類似RDA。新版本中包含了Canoco用于微生物組分析的完整工作實例。

特征 - 環境分析用于通過社區加權平均值（CWM）相關性或第四角相關性進行。這些方法將單個性狀與單個環境變量相關聯。這些分析現在完全擴展到多特征多環境變量案例。新方法允許您檢測哪些特征與環境的相關性最高，反之，哪些環境變量顯示與特征的最高相關性。該方法建立了一個回歸模型，允許您量化特征，環境及其組合解釋的變化量。

新的特質 - 環境方法的基本原理已在一份報告和兩篇已發表的論文中進行了總結。第一篇文章鏈接了第四個基于GLM的回歸，并給出了多特征多環境變量案例的擴展，這是簡單的雙約束對應分析（dc-CA）。第二篇文章給出了dc-CA和Canoco使用的算法的完整描述。

Cormont等人（2011）的線性特征環境模型已經對雙約束主成分分析（dc-PCA）進行了擴展。

新版本隨每個新許可證附帶了重新編寫的手冊。免費更新包含Canoco5 / pdf文件夾中的pdf，其中包含Canoco 5.1中的主要更改。

如何更新到最新的Canoco版本

要將您當前的Canoco 5安裝更新到最新的維護版本，請選擇 Help|Check for updates 菜單命令，并按照對話框中顯示的說明進行操作。請注意，Canoco經銷商提供的用于評估軟件的試用版無法更新。

CANOCO常見問題

1.Canoco 5可以運行在Windows 8/10/11和其他Windows平臺嗎?

Canoco 5在32位和64位版本的標準臺式機和筆記本電腦上運行良好，適用于Canoco 5發布時的32位和64位版本。 Window 8.x和10還支持其他平臺，例如通過用手指觸摸屏幕管理的小型移動設備，但是，正如任何分析和可視化科學數據的程序一樣，Canoco 5也不會擅長。

Canoco 5也適用于其他Microsoft操作系統，從安裝了Microsoft Windows XP SP2或SP3的開始。這還包括Windows Vista和Windows 7。

2. Canoco 5可以運行在Linux或MacOS上嗎？

Canoco 5在這些操作系統中沒有原生實現，但是Canoco 5經測試可以在Linux的Wine或類似CrossOver包環境下運行。下面的截屏描述了Canoco工作在Ubuntu Linux工作空間生成的雙標圖(biplot)。

3. Canoco 5是64位程序嗎？

在Canoco 5包中現在只有一個應用程序，安裝程序根據Windows版本(32位或64位)來安裝相應的版本(32位或64位)。文件讀取和保存在Canoco 5的32位和64位版本之間兼容。

4. Canoco 5能夠分析2萬個樣本和600個物種的數據集嗎？

是的，肯定能，而且可以是更大的數據。在個人電腦上總有能分析的數據大小的限制，然而在5版中，Canoco自己限制為1.67億表格行，1.67億表格列。然而，操作系統強加了更嚴格的限制，即在32位Windows的情況下。標準應用程序無法在32位Windows中分配超過2 GB的內存，但Canoco 5使用特殊配置將其數據空間擴展到3 GB（在正確的Windows重新配置之后）。單個連續的內存塊不能分配大于1 GB的大小，因此Canoco 5數據表限制為大約1.34億個條目。另一個限制通常來自處理器速度，使得真正大數據的分析難以忍受地緩慢（但是你可以讓計算機工作一整夜）。

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視頻教程

1.導入數據

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2.第一次分析

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3.分析筆記本

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